Honda Cub mula dilancarkan pada tahun 1958, 10 tahun selepas penubuhan Honda Motor Co. Ltd. Model asal tahun 1952 Honda Cub F sebenarnya adalah enjin yang dipasang pada basikal. Honda mengekalkan nama tersebut tetapi menambah imbuhan 'Super' pada model motosikal ringan serba baharu itu,[9] walaupun ia hanya sekadar dipanggil Cub di beberapa negara. Asalnya jualan Super Cub tidak begitu baik pada awalnya disebabkan kegawatan ekonomi Jepun, dan 3 bulan selepas pelancarannya sudah ada pelanggan yang merungut mengenai masalah klac yang sering tergelincir.[10] Jurujual dan pekerja kilang Honda terpaksa membatalkan cuti mereka untuk membaiki motosikal Cub yang terjejas, dengan melawat pelanggan sendiri dari rumah ke rumah.[10] Semasa ia dieksport ke AS, namanya ditukar kepada Honda 50, dan kemudiannya Honda Passport C70, dan C90, kerana tanda nama kapal terbang Piper Super Cub sudah digunakan.[30]

Varian terawal Cub ialah C102, dilancarkan pada April 1960, dan C110 Sports Cub, dilancarkan pada Oktober tahun yang sama.[9] C102 mempunyai penghidup elektrik sebagai tambahan kepada penghidup tendang, serta sistem penyalaan gelung berbanding magneto, tetapi selebihnya sama seperti C100.[9] C110 lebih mirip motosikal tradisional dengan rekaan kerangka yang berbeza, dengan tangki minyak di bahagian atas hadapan dan bukan di bawah kerusi seperti mana varian Cub yang lain. Ia juga lebih berkuasa sedikit, naik daripada 3.4 hingga 3.7 kW (4.5 hingga 5 bhp) @ 9,500 rpm. Varian kepada Sports Cub ialah C111 tanpa kerusi pembonceng, dan C110D, juga dipanggil C114, yang mempunyai paip ekzos rendah. Versi terawal Sport Cub mempunyai kotak gear 3 kelajuan tetapi kemudian ditambah menjadi 4 kelajuan.[9] C102 terus dikeluarkan selama enam tahun sehingga 1965, manakala C110 Sports Cub pula sehingga 1966.[9]

Pada tahun 1960 atau 1961, satu daripada beberapa model kembar dikeluarkan iaitu CZ100, menggunakan enjin yang sama tetapi hanya menggunakan tayar 5 inci. Model sulung bagi Siri Honda Z, CZ100 hanya disasarkan sebagai model untuk jarak dekat atau motosikal pit, tetapi dalam masa yang sama mewujudkan genre yang dikenali sebagai "monkey bike".[9]

Pada tahun 1963, model OHV 86.7 cc 4.8 kW (6.5 bhp) C200 mempunyai kerangka seperti C110 tetapi dengan hendal yang ditinggikan. Enjin yang sama digunakan pada model 1965 CM90. Juga pada tahun 1965 muncul model aci sesondol atas (OHC) 63 cc 4.1 kW (5.5 bhp) C65 Super Cub. Sebagai versi sporty, CS65, dengan kerangka menyerupai C110/C200, menghasilkan 4.6 kW (6.2 bhp) @ 10,000 rpm.[9]

Pada tahun 1966, Honda menggantikan enjin OHV 50 cc dengan rekaan SOHC, enjin C65 yang dikecilkan lubangnya, dipanggil C50, yang meningkatkan kuasa kudanya daripada 3.4 hingga 3.6 kW (4.5 hingga 4.8 bhp). Dalam masa yang sama, model 90 cc C200 direka semula dengan enjin SOHC 5.6 kW (7.5 bhp) 89.5 cc, serta dipanggil C90. Walaupun rekaan asal Cub dikekalkan, penstailan baharu serta penambahbaikan termasuklah fork hadapan bertutup. Model 50 cc C100 dan 90 cc C200 kekal dikeluarkan bersama-sama versi baharu sehingga tahun 1967.[9]

Tahun terakhir pengeluaran C65 ialah tahun 1967, dan CD65 dan CL65 menggantikannya hanya untuk tempoh setahun, 1968. Kedua-duanya mempunyai enjin-enjin berputaran tinggi 4.6 kW (6.2 bhp) 63 cc pada CS65. Kemudian model C70 4.6 kW (6.2 bhp) 71.8 cc menggantikan CD65 dan CL65 pada tahun 1969. Ia mempunyai kuasa kuda maksimum yang sama tetapi pada 9,000 rpm berbanding 10,000, serta lebih kilasan, 0.53 kg·m (5.2 N·m; 3.8 lbf·ft) pada 7,000 rpm berbanding 0.48 kg·m (4.7 N·m; 3.5 lbf·ft) pada 8,000 rpm. Ia diperkenalkan di Amerika Syarikat, Kanada dan Asia sebaik pelancarannya dan di UK pada tahun 1972. Selepas tahun 1980 model AS C70 dipanggil C70 Passport.[9]

Pada tahun 1980an, Honda mula memasang sistem penyalaan nyahcas kapasitor (CDI) untuk menggantikan sistem penyalaan titik sesentuh yang tidak lagi mampu memenuhi piawaian emisi Amerika.

Pada tahun 1984, Honda melancarkan versi kemas kini bagi Honda C90 dan C50, perbezaan utama ialah model-model baharu tersebut kini menggunakan sistem elektrik 12 volt yang lebih boleh diharap serta menggunakan lampu petak berbanding lampu bulat, di samping beberapa perubahan kosmetik lain.

Pada tahun 1986, model enjin 100cc HA05E yang lebih besar diperkenalkan khususnya di Asia. Model 100cc yang lebih terkini tersebut dibangunkan khusus untuk pasaran Asia Tenggara, terutamanya di Thailand, Malaysia dan Vietnam di mana motosikal kapcai lebih popular, dengan memperkenalkan ciri-ciri baru seperti sistem gantungan hadapan teleskopik bagi menggantikan gantungan rangkaian bawah, dan transmisi 4 kelajuan yang lebih cekap bagi menggantikan transmisi 3 kelajuan yang digunakan pada model lama. Model 100cc tersebut asalnya dikenali sebagai Honda Dream di Thailand dan Honda EX5 di Malaysia, sebelum diseragamkan sebagai Honda EX5 Dream pada tahun 2003. Tambahan pula, Honda Jepun mula mengimport motosikal Dream buatan Thailand sebagai Super Cub C100EX pada tahun 1988.[37] Model C100EX Jepun kemudian mengalami perubahan pada tahun 1993, sementara model EX5 Dream Asia Tenggara mengekalkan reka bentuk tahun 1986 sehingga sekarang dengan hanya sedikit perubahan kosmetik.[38]

Pada penghujung 1990-an, Honda memperkenalkan motosikal siri NF yang lebih dikenali sebagai Honda Wave yang menggunakan kerangka tiub keluli, brek cakera hadapan dan set penutup plastik dalam pelbagai pilihan enjin - 100cc, 110cc dan 125cc. DI negara-negara Eropah, pengeluaran model Honda Cub telah dihentikan bagi memberi laluan kepada model Honda Wave. Sungguhpun demikian, pengeluaran model Honda Cub masih diteruskan di Asia dan Afrika walaupun model Honda Wave yang lebih baru telah diperkenalkan.

Pada tahun 2007, Honda mula memasang sistem suntikan bahan api PGM-FI pada Honda Cub bagi pasaran Jepun untuk pelepasan asap yang lebih bersih.[1]